郑芝龙派出的这支敢死队虽然作战意志还算坚定，但双方在船只性能、武器威力、作战方式等方面都仍然存在着无法弥补的差距，在交战中并不足以扭转不利的被动局面。虽然的确起到了延缓敌军舰队前进的作用，但这基本就是靠付出一条条的人命交换得来。而联军屠戮他们的速度，让这种代价巨大的付出显得非常的不划算。
尽管海盗们已经是拼死作战，但他们与联军舰队交战的时间也并没有比前一支被击溃的海盗船队更长，仅仅不到一个小时，海盗船队中就已经看不到完好的帆船了。而那些贴近海汉战船试图用跳帮战术来实施杀伤的海盗船，大部分都已经因为被炮火抵近轰击而沉没或倾覆了。
在方圆大约三四海里的海面上，到处都漂浮着船板碎片和海盗的尸体，仍在着火燃烧的海盗船至少也有十几艘，不过已经没有谁会在意这些缓缓下沉中的帆船上是否还有活口了。
此时已到了傍晚时分，太阳正在慢慢落向海平面，对于联军舰队来说，必要赶在入夜之前完成对马公港的第一波进攻，并争取能够夺取到登陆的滩头。否则入夜之后，这么一支庞大的舰队要在距离敌方仅仅十海里左右的海上安顿下来，其实是一件极其危险的事情。
“让福建水师垫后清理战场，我们的舰队尽快重新编队进发，天黑之前，我要踏上澎湖的土地！”王汤姆此时也是十分地着急。他倒不是很担心自己的舰队是否能够顺利攻取登陆点，而是怕十八芝趁着这段时间已经完成了大部队的转移。虽然军方的确是打着驱赶而非剿灭的主意在进行这场战事，但如果让十八芝的主力毫发无伤地撤走，那其实也算是军方的一种失职。而且这个操作失误的锅还必须由海军来背，毕竟陆军到目前为止都几乎还没有参加到战斗中来。
半个小时之后，王汤姆接到石迪文用电台传回的消息，马公港正有大股船队源源不断地往外涌出，看样子十八芝并没有来得及完成转移计划，而这也正是联军所期望看到的情形。
“石迪文部、罗杰部负责封锁港口的进出航道，其他舰只随同我部，在预定地点展开登陆作战！”颜楚杰作为此次行动的总指挥，通过电台向其他两支舰队下达了总攻的作战指令。
马公港的港湾出口正好是朝向西边，而联军舰队是自西向东杀过来，双方都是在比较远的距离上就发现了对方的存在。惊慌失措的海盗船队正面撞上战意正浓的联军舰队，几乎是被锋利刀锋切入的豆腐一样，轻易地就被分切开来。而十八芝一方似乎已经完全失去了指挥体系，在这种混乱的场面下没有人组织起像样的抵抗，所有人都在试图尽快逃离这个战场。
王汤姆在战前所选定的登陆地点位于马公港北侧的半岛上，所有人都提前打起了精神准备迎接一场恶战，但实际的情况却是让负责掩护的舰队根本无从发挥，这里根本就没有任何的岸防措施，并且从望远镜中也看不到成建制的武装人员在岸边活动。随后赶到的运兵船几乎毫无阻碍地靠岸实施了登陆，根本就没有想象中来自十八芝的阻击出现。
“看样子是我们把战斗想得太艰难了？”王汤姆对于这样的景象也有些惊讶和无可奈何。
海汉在开战之前做了大量的准备工作，甚至为了实施登陆作战，还专门进行了船体改造和登陆演习，所花费的人力物力财力都不是小数目。不过从目前的状况来看，这些准备工作似乎都显得有点多余了。第二艘运兵船已经顺利靠岸，当两个连的陆军下到岸上架设起一道外围防御线之后，几乎已经可以确定十八芝很难再组织起有效的反扑把海汉民团重新赶下海了。
“我认为这可能是因为十八芝的主力作战部队已经撤走了。”钱天敦发表了自己的看法：“想必郑芝龙现在已经不在马公港了，不然也不至于乱成这样，这分明就是树倒猢狲散的景象。”
钱天敦所料的确不差，郑芝龙在派出了第二支船队后不久，便离开了马公港。不过他并不是从这里乘船出海，而是折向澎湖岛内陆，横穿澎湖之后，在岛东北端的白坑渔村搭船出海。
郑芝龙之所以选择这种比较麻烦的撤离方式，也是有他自己的安全考虑在里面。首先如果他在众目睽睽之下从马公港率先离开，那么对于仍然没有来得及撤离的人员来说无疑会有一种被抛弃的感受，很容易引发大的混乱不说，而且对他个人在十八芝中的形象也会起到负面影响。其次他很担心对手的船队随时杀到马公港，那时候即便船已经出海，也很难逃过海汉人那种高速战船的衔尾追杀，因此他选择了从澎湖岛的另一头出海，在离开澎湖海域之后再寻求与大部队的会合。
值得庆幸的是郑芝龙所派出的两支阻击船队虽然都很快战败，但的确为十八芝争取到了非常宝贵的一段撤离时间，岛上的青壮几乎都已经在联军舰队抵达之前一个小时撤离了马公港，以最快的速度往北方逃窜。被联军舰队堵在马公港的，几乎都是散兵游勇和装载闲散人员的船只了。
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