毕自肃确实是非同一般的倒霉，做为一个立场比较中立的非阉党官员，能够鱼跃龙门当上一任巡抚，靠的完全是自己的卓越政绩和公正廉明，还有曾经担任过宁前道参议的经历和宽仁慈厚的性格，所以才被派到辽东来担任巡抚，给熊廷弼和毛文龙这两个狗熊脾气的炮筒子当和事老。只是毕自肃他做梦也没想到的是，自己会在上任不到十天情况下，竟然就被兵变逼得自杀身亡。
毕自肃是在三月二十八这天从前任辽东巡抚手里接过这个职位的，卸任后，前任辽东巡抚立即打马连夜去了山海关，到恩师熊廷弼麾下祈求庇护，根本就没象其他官员一样，按照不成文的规矩给毕自肃介绍同僚，帮助继任者迅速熟悉情况。不过还好，孙承宗担任辽东督师时，毕自肃此前曾经在宁远干过一段时间，对大部分的文武官员还是比较熟悉的，所以毕自肃也没去指责前任什么，只是老老实实的召开会议，与同僚部下互相熟识，准备迅速融入角色。不曾想四月初一这天召开会议时，宁远诸将刚一到齐，伸手就向毕自肃讨要军饷——四月份的军饷。
“各位将军，军饷当然发。”毕自肃也没推辞刁难，还很诚恳的说道：“只是本官刚刚到任，对军队情况还不了解，士兵的人数也还没有清点过，等本官确认了各支军队的编制，还有清点了士兵的数字，就马上把军饷发给你们。”
毕自肃决定统计了士兵准确数字之后再发军饷，也是有原因的，因为宁远军队的士兵数量，对大明朝廷来说一直都是一个迷，不管是魏忠贤派到这里来搀沙子的宁远监军胡良辅，还是一直看前任辽东巡抚不顺眼的宁前道御史李应荐，都始终没有摸清楚过宁远军营里到底有多少士兵，朝廷给前任辽东巡抚的四万五千编制，到底被吃了多少空额，所以借着这个辽东巡抚换人的机会，不管是魏忠贤还是兵部尚书王永光，都想通过毕自肃摸清楚宁远军队的真实情况。而且毕自肃也不是故意刁难，三月份的军饷已经发了，现在才四月初一，四月份的军饷即便拖到月底发也是理所当然——毕竟，宁远军队每个月发军饷的时间，也要由毕自肃说了算。
尽管毕自肃已经做好了苦口婆心对宁远众将解释的准备，可毕自肃绝对没想的是，他的话音未落，在场的宁远将领居然二话不说，一下子走得干干净净，绝大部分文职官员也是一个比一个跑得快，只剩下毕自肃和宁远监军胡良辅、宁前道御史李应荐三人，在会场里大眼瞪小眼。面对这样的局面，毕自肃当然是怒不可遏又束手无策，无奈之下，毕自肃只得和比较靠得住的胡良辅、李应荐商量，商量怎么对付这些丘八。可是让毕自肃措手不及的是，刚过了午饭时分，宁远城中的军队就发生了哗变！一群接一群如狼似虎的乱兵闯进巡抚衙门，高喊着欠债还钱的口号，在巡抚衙门里见人就打，见东西就抢，毕自肃也在措手不及下被乱军绑架，捆到了宁远城的城楼上。
毕自肃被五花大绑捆到城楼的柱子上时，宁远城里已经彻底乱了套，成群结队的乱军在街道上横冲直撞，高喊着‘毕自肃故意不发军饷，我们不如反了算了’的口号，到处的打家劫舍，杀人放火，毕自肃从京城带来的仆人和亲随首先遭殃，当街被砍成了肉酱，私人财物被抢劫一空；还有宁远的粮仓钱库也被乱军砸开，官仓里储存的粮食和银钱同样被扫荡一空。不过最惨的还是前任辽东巡抚的对头李应荐，他被乱军堵在巡抚衙门的后花园里，当场活活打死，他在宁远的家人也被杀得干干净净，居住的宅院更是被一把火烧得精光，同样和前任辽东巡抚做对的宁远监军胡良辅则在混乱中不知所踪，生死不明。与此同时，毕自肃本人也在城楼上遭受了难以想象的残酷折磨，数以百计的乱军士兵借口他故意克扣军饷，对他不仅是百般侮辱，拳打脚踢，还丧心病狂的把他的耳朵和鼻子割掉，又拎来马桶，将桶中大便小便浇满他的全身，素有清廉直名的毕自肃遭受如此侮辱，自然是羞愤欲死。
四月初三，收到消息的熊廷弼率领大军兵临宁远城下，镇压叛变，只可惜此刻的宁远城早已经落到了叛军手中，熊廷弼若要强攻，势必就是两败俱伤的局面，而且毕自肃也在叛军手里，如果强攻，必然危及毕自肃性命。无可奈何之下，熊廷弼只得派遣使者入城谈判，要求叛军放下武器，开城投降，叛军首领杨正朝和张思顺则向熊廷弼提出了三个投降条件，第一，立即下发军饷；第二，保证不追究叛军所有成员的任何责任；第三，要求熊廷弼上书朝廷，严格惩处克扣军饷导致兵变的毕自肃，请袁巡抚回来，继续当辽东巡抚。而熊廷弼当然只能答应第一个条件，还有保证只处理少量手上沾有命案的叛军士兵，叛军同样不答应，结果谈判破裂，熊廷弼也只能下令攻城。
熊廷弼军动手准备攻城，宁远叛军也毫不犹豫的搬出红夷大炮，瞄准了熊廷弼的军队，眼看大明军队就要自相残杀时，前任辽东巡抚站了出来，请求亲自出城谈判，劝说叛军投降。极不情愿看到明军同室操戈的熊廷弼思量再三，也只好点头同意，而前任辽东巡抚孤身入城许久后，终于带出叛军投降的新条件——要求熊廷弼上书朝廷，赦免叛军所有人的死罪，保证不杀叛军一人，那一切条件都可以商量。否则的话，宁远叛军宁可与熊廷弼拼死一战，也绝不投降。而且辽东巡抚又自告奋勇的提出，以自己为人质，换出被叛军扣押的毕自肃，熊廷弼犹疑再三，迟迟不敢做出决定。
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