炼金术是对物质进行理解, 分解和在构筑的科学, 但并非是万能的技术。炼金术不能无中生有，要得到一种物质, 就必须付出与之相当的代价。
这便是炼金术的基础——等价交换。
亚美斯多利斯，一个炼金术相当发达的国家，在这里, 炼金术师备受推崇, 而为国家工作的炼金术师被称为国家炼金术师，会被赐予专属的代号，例如：钢之炼金术师, 爱德华·艾力克。
在某场人体炼成结束n年之后。
轰隆。
落雷划破了天空, 豆大的雨滴淅淅沥沥的落下, 已经下了一夜的雨却还是丝毫没有要停下来的迹象。
东方司令部。
“我想知道，塔卡和妮娜怎样了？”
一大早被噩梦惊醒, 怎么也睡不着的爱德华来到司令部找到了罗伊·马斯坦上校的副官, 莉莎。
站在门口，莉莎被爱德华的问题弄一楞, 谈及塔卡和妮娜，她本来温和的表情变得沉重起来。
“塔卡先生被剥夺国家资格, 不日就将接受审判……”
“但现在他们都死了。”
“死了？！”阿尔和爱德华震惊不已。
“你早晚要知道，我就先告诉你吧。”莉莎从房间里出来，从他们身边走过。
“他们是谋杀的。”
爱德华难以置信的睁大眼睛, 慌乱的追问道：“什, 什么, 谁干的？！”妮娜，妮娜她……
怎么会？！
他爱德华·艾尔利克和弟弟阿尔冯斯·艾尔利克因为思念亡故的母亲，而进行了炼金术中最大的禁忌——人体炼成。因为炼成时的反噬，阿尔冯斯失去了全身，他失去了左脚。为了换回弟弟，他再次牺牲了自己的右手作为代价将弟弟的灵魂炼成，并将阿尔冯斯的灵魂固定在一副铠甲上。
为了取回他们所失去的一切，他们找到缀命之炼金术师——修·塔卡，想了解有关人体合成与合成兽的知识。期间塔卡的女儿妮娜和他们兄弟两建立了深厚的感情。然而，随着国家炼金术师的考核的逼近，看似温柔的塔卡爸爸，居然为了通过国家炼金术师的考核而将可爱的妮娜与宠物狗亚历山大炼成了合成兽……
这让意外发现了这一切的他和阿尔深深体会到来自炼金术的悲哀。
“不知道。”莉莎整理了下领子，朝着外面走去。
“我正准备去现场。”
爱德华亦步亦趋跟在她的身后，阿尔也紧跟在爱德华的身后。
“我们也去。”
“不行。”
“为什么？！”爱德华愤怒的问道。
莉莎突然停了下来，爱德华连忙停下。
转过身，莉莎用温柔却沉重的目光看向爱德华。
“你们不看为好。”
……
另一边，在塔卡死亡的现场。
望着塔卡的尸体，东方司令部的上校罗伊抓住了前来查看的修斯中校的话头，从他那里翘出来了关于杀人者‘斯卡’的消息。
不清楚底细，目的不明，行踪不明，额头上有一个大伤疤，对国家炼金术师极其憎恨，并在不停的追杀着国家炼金术师。
这就是修斯中校目前掌握的所有情报，而当知道斯卡在袭击炼金术师的时候，罗伊猛地察觉到了不妙。
钢炼的爱德华兄弟他门也在这座城市！
在罗伊集结人马，找到艾力克兄弟的时候，他的预感应验了，斯卡遇见了爱德华兄弟并正在和他们正面交锋。
坏消息：兄弟两被斯卡压着打，已经完全失去战斗力。
好消息：他们都还活着。
在斯卡要杀了爱德华的最后关头，莉莎一枪打断了疤面的袭击，和队友们用火力还有一只兄贵，不，豪腕之炼金术师亚力克斯·阿姆斯特朗逼迫着疤面离开了爱德华兄弟，硬是将爱德华和阿尔救了下来。
杀人不成，面对众多军人的斯卡也只能暂时避其锋芒，趁机逃跑了。
而经过这次和斯卡的正面交锋，罗伊和修斯意外的发现，斯卡居然是伊修瓦尔人。
伊修瓦尔是亚美斯多利斯东部的一个荒凉地区，生活在那里的部族就被叫做伊修巴尔人，他们都是红色的眼睛，褐色的皮肤。在被奉行军国主义不断扩张领土的亚美斯多利斯吞并后，因为信仰的关系仍有摩擦，而在13年前，因为一名将领误杀了一个儿童，作为导火线，引发了内乱。
在攻防了多年后，军部下达了命令，全歼伊修巴尔人。而国家炼金术师作为活兵器被运往战场。战斗成一面倒的形式，无数的伊修巴尔人死在这场战争之中，哪怕战斗结束，那片地方也被军方封锁，无法自由进出。
身为幸存下来的伊修巴尔人，斯卡来说，军人就是死敌，国家炼金术师更是残害同胞的罪魁祸首。
他的所作所为皆是复仇。
参与过那场战争，手上沾满鲜血的罗伊和修斯在知道他的身份后，陷入了沉默。
斯卡确实有朝他们复仇的正当性。
“别开玩笑了！”
接受了治疗的爱德华在听了罗伊，修斯他们说关于斯卡的事情后，愤怒的说道。
“把无辜的人牵扯进来，这种复仇有个屁的正当性啊！”
即使知道斯卡的身上背负的仇恨，但爱德华还是坚持他的想法。
复仇在任何时候都不是杀害无辜的人的正当理由！
“但他磨刀霍霍向着我们来这也是事实。”罗伊上校交叠着双手，放在面前，目光深沉的说道：“而我们不能坐以待毙。”
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