伊藤博文再次在中日谈判桌上碰了一鼻子灰，认定李经述是一位难以战胜的对手，内心燃起了要干掉李经述的想法，可惜他的想法迟了李经述一步。那天伊藤博文借口身体不适，匆匆结束了当天的谈判，满怀心事的他走下扬帆楼，下楼走台阶时，心不在焉，一脚踩空，一个趔趄，差点摔倒。
当伊藤博文正准备乘马车离开时，围观的人群中，突然冲出一个戴鸭舌帽、穿灰色风衣的高个俄国青年人，他手拿一把黑壳毛瑟枪，在伊藤博文左右的护卫还未反应过来时，枪口对着伊藤博文，对着伊藤博文光亮的脑门“砰”开了一枪。
伊藤博文上马车的动作，使得他的头往上移了半寸，俄国杀手这一枪打中了伊藤博文的眉心，几乎是电光火石的一瞬间，伊藤博文的眼睛还没闭上，倒地昏死过去，血染燕尾服。
离伊藤博文最近的两名护卫反应过来，冲上去拦腰抱住那位开枪的俄国青年刺客，要夺他手中的枪，那青年刺客甩掉了风衣，挣脱了两名护卫，又冲上前去朝伊藤博文的胸部“砰砰”补了了两枪，他还朝人群开了两枪，围观的行人四处逃窜，现场大乱。
前排负责警卫的日本士兵冲出，朝青年刺客的背部“砰砰”开了两枪，刺客中枪流血倒地，抛掉手枪，用俄语高呼三声：“俄国人民乌拉！”
李经述听到枪声，就带人从楼上跳了下来，那俄国刺客还没死，倒在地上，胸口鲜红的血流不止，脸部因剧烈疼痛抽搐变形，他知道自己刺杀了一个日本高官，活不成了，痛苦的眼神祈求李经述帮他解决掉自己，李经述掏出手枪，朝俄国刺客脑袋上补了一枪，击穿刺客的前额，这位俄国青年便断了气。
血流不止的伊藤博文，被手下七手八脚抬上了担架，送往长崎最好的医院。当时伊藤博文尚有意识，他向身边的侍卫问：“这枪是谁打的？”
当知道好像是个俄国激进的革命者干的后，一向温而儒雅的伊藤博文，爆粗口骂了句“八嘎”，便陷入了昏迷状态，随即被抬到了长崎的医院，没抢救过来，三天后去世。
那位年轻的俄国杀手，是俄罗斯激进的民意党人。俄国民意党是俄国民粹派的秘密组织，1879年8月从土地和自由社中分裂而来，主要活动家有热里雅鲍夫、米哈伊洛夫、彼得罗夫斯卡娅等人，目标是推翻沙皇专制制度，经常搞密谋暗杀活动，甚至把暗杀沙皇作为主要活动之一，他们认为这将有助于进行建立自由制度的斗争。李经述除了对日本人怀有戒心之外，还出资资助俄国民意党人闹革命，搞乱沙俄。
伊藤博文重伤后，大隈重信重新走上日本政台，接替伊藤博文任内阁首相。但李经述始料不及，此时的大隈重信，已经不再像明治十四年以前那样激进，他成立了立宪改进党，把日本有知识、有财产、有名望的人组织起来，还创建了日本早稻田大学的前身——东京专门学校，为日本培养宪政和现代化的人才。根据李经述收集到的情报，伊藤博文在临死前，把大隈重信请到了病床头，干枯的手指拼尽全力抓住了大隈重信的手，留下了政治遗言：“四十七武士……宪政”。
四十七武士，是日本广为流传的“卧薪尝胆”忠义故事，这故事是真实的，讲述的是历史上18世纪时，一群日本武士为他们剖腹自杀的主人复仇故事，发生在幕府时期：赤穗城主浅野在江户城中刀伤吉良，被幕府将军纲吉处以剖腹自裁，他养的四十七名武士，以大石内藏助为首，卧薪尝胆一年零九个月，为主人报仇，闯入吉良宅邸，杀死十八人，把首级供到浅野墓前，随后，众武士因为犯了国法，感到对幕府将军不忠而羞耻，忠义难两全，一个个切腹自杀谢罪。
伊藤博文临终前对大隈重信说“四十七武士”，明显是要大隈重信隐忍，实行宪政，等日本国力强盛了再给他报仇雪耻！李经述不禁为伊藤博文有这样的见识而叹息，也对日本的政治人物刮目相看——只要对国家有利，他们竟然可以在临死前把自己未竟的事业，托付给以前的政治对手。也就是说，反对派跟反动派完全是两码事！
这种现象，在满清官僚的思维里，绝对不可能发生——只要反对就是反动，不只要从精神上批倒批臭，还得从肉体上消灭才解恨，所以即便大家同坐在一艘破船上，都不吭声，不会指出问题，表面一团和气，直到统治的利益集团走向毁灭，葬身历史的海底。
大隈重信担任日本内阁的新一任首相，并没有因为刺客是俄国人，就冒然和俄国人开战，他和伊藤博文一样，力压军部中的主战派，派西乡从道到长崎继续和李经述和谈。
伊藤博文被刺杀后，英美的舆论大多偏向于同情日本，李经述担心中日如果再开战，英美会租铁甲军舰给日本人，加上刺杀伊藤博文推迟日本宪政的目的已经达到，中国便在赔款方面作了让步，最后中日达成了和议，将“长崎事件”定性为一起因语言不通导致的误会：每一名逝去的北洋水兵赔款一万两白银，受伤的北洋水兵获赔一百两白银，立即付清。
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