得知高杰横死的消息之后，当时的阁督史可法确实相当悲痛。他亲自赶往高军营中去做善后工作，立高杰子为兴平世子，外甥李本深为提督，胡茂祯为阁标大厅（即中军），李成栋为徐州总兵。
而高杰妻邢氏耽心儿子幼小，不能压众，她知道史可法没有儿子，提出让儿子拜史可法为义父。这本来是史可法增进同高部将士感情的一个机会，然而史可法却因为高部是“流贼”出身，坚决拒绝，命高杰子转拜提督江北兵马粮饷太监高起潜为义父。由此可见，史可法的偏见之深和不通权变。
之后，因为左良玉叛乱，黄得功的部队被调到长江以南的太平府（府治在当涂，辖芜湖、繁昌三县），这才让高部得以喘息。在邢氏的一番努力之下，高部人马终于收编的残留的许定国部，并就地募兵，扩军至近五万。
不过到了这个时候，高部对南明不说是阳奉阴违了，他们对南明的其他各镇兵马的虎视眈眈，已经是防备异常。所以等到大平军出兵，他们就在邢氏的主持下，也毫不犹豫地归顺了张彪部，其余的一些高部人马，更是早就归降了南下的迟明部了。
而邢氏此人，正是李自成的前妻，她与李自成这对前夫妻，正是这个时代的一对传奇啊！
所以在这样的情况之下，整个长江以北的大股南明军，几乎全部归顺于大平朝。出兵是如此顺利，让周巡、薛勇、张彪、迟明等军将都是为之咋舌。而南京已经变成了一颗熟透了的果子，就等着大平军去摘取了。
直到此时，大平朝廷见木已成舟，吴世恭谕令大平军出兵的圣旨才传至南方诸军之中。同时，吴世恭封迟明为浙江将军、张彪为南直隶将军，在周巡的总指挥之下，共同指挥南征战役。
而薛强就被封为河南将军，保住大平朝在河南、湖广的控制区，并主持内部的治安、剿匪。就在这样的情形之下，迟明的东路军率先施行了渡江战役。
在左部叛军进逼池州，迟明的山东军又大举南下的危急关头，弘光帝发出了“上游急，则赴上游；敌急，则御敌”的旨意。不过这样的旨意，完全就是头痛医头、脚痛医脚，处于一种被动局面。
弘光君臣其实都明白：无论集中兵力对付任何一方，南京都有陷落的危险。因此，他们暗中已作了拥兵出逃的准备。
而当扬州失守，史可法殉难的消息传到南京，弘光朝廷顿时陷入一片惊惶失措之中，朱由崧等人开初还对长江天险寄于希望。可是在闰六月十一日，迟明的东路南征军进抵长江北岸，十九日，迟明命南明降将张天禄等部，于黎明时分在瓜州以西十五里处乘船渡江，在金山击败南明防江水师郑鸿逵军，随即登上南岸，占领镇江，后续东路征南军先后渡江。
闰六月二十日，弘光帝仅同内阁大学士和少数宦官商议后，连朝廷其他公卿大臣也不告知，更不作任何部署，就在凌晨离城出逃。
天亮以后，南京城内的官绅军民听说皇帝和首席大学士已经逃走，立即乱成一团。一些官绅拥入狱中，把自称“崇祯太子”的少年请出来登武英殿即位，年号仍称崇祯十七年。然而，南京守备勋臣忻城伯赵之龙为首的勋戚大臣却决定降平，派人前往大平军营接洽。
二十日午后，大平军先锋数十骑直抵洪武门外，忻城伯赵之龙、保国公朱国弼赍降表由城墙上缒下往清营接洽投降事宜。
二十一日，迟明率东路征南军主力进至南京城外，赵之龙、朱国弼同魏国公徐久爵、隆平侯张拱日、大学士王铎、蔡奕琛、兵部尚书阮大铖、礼部尚书钱谦益、左都御史李沾、司礼监秉笔太监卢九德等三十余名高官显贵大开城门，出迎于郊。在大平军进城搜索警戒后，多铎于二十三日进入南京。金陵城落入到了大平朝手中。
在上文已介绍，按明朝永乐以后的两京制度：在南京掌握实权的三个人是南京兵部尚书、守备南京勋臣、镇守南京太监；其他勋臣和六部、都察院大臣不过虚有其名。
而当弘光帝逃亡之后，遗留在南京城的，无论是文臣武将，还是勋贵太监，都像是墙头草一般地随风而转，百官争投职名以求用。看看其中几位以后的经历：
那个假太子：他被押赴北京城后，吴世恭下令将其与真太子朱慈烺一起送至凤阳守陵。着实玩了一把黑色幽默。不知道这真假太子在凤阳相遇时，会否上演全武行？
侯恂：在吴世恭再三相邀之下，侯恂都不肯赴京入阁。他以年老体弱为由回归德养老。为此，吴世恭召其子侯方域入京，任东宫老师，后侯方域在薛呈麟即位之后入阁为相。
阮大铖：他与王铎、蔡奕琛、钱谦益等人都入了新朝内阁。后其连任四届，一直为内阁宰相，但也一直未成为首辅和次辅，堪称穹源朝的不倒翁。
钱谦益：在吴世恭再三相邀之下，赴北京城入阁。不过在一年后辞官回金陵城隐居。
刘宗周：屡召不出，一直在江南教书。后穹源朝在南京设立金陵大学，刘宗周才出任金陵大学之祭酒。
而在闰六月二十日夜间，朱由崧等人逃出南京后，原来的意图是避往浙江杭州。不料途经溧水县时遭到当地土兵的拦截抢掠，混乱之中，勇卫营兵拥簇着弘光帝奔往太平府（府治在当涂），可太平府官不知道是怎么回事，闭门不纳，又转入芜湖投靠靖国公黄得功。
东路南征军的统帅迟明得知弘光帝出逃，自然不肯放过。进南京后即命刚刚投降的刘良佐率领部卒充当向导，领兵经太平追至芜湖。
在刘良佐招诱之下，加上大平军重兵压境，黄得功部下将领田雄、马得功决定降平。可黄得功不知军心已变，把刘良佐派来招降的使者处斩，引兵出战。
七月初四日，叛军趁黄得功不备，暗中猝发一箭，射中黄得功喉部。自知重伤难以逃脱的黄得功自刎而死。而弘光帝被田雄等活捉献给大平军中。
南明弘光朝灭！
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